本校的前身為建於一九八三年、位於牛頭角樂華邨的聖公會基樂小學上午校，當時為一所二十四班之學校。為配合社會需求、教育發展趨勢、實施全日制辦學之理想，於二零零二年獲教育署分配一所全新的千禧校舍，並於二零零三年九月上午部全體師生遷入九龍灣啟仁街之新校舍上課，並將新校定名為聖公會九龍灣基樂小學，為本校開展歷史的新一頁。